| # | 原題（英語名） | サブタイトル |
| シーズン3 | ||
| 13 | SURPRISE PARTY | ビックリパーティー |
| 1 | THE FIVE FACES OF DARKNESS | 新たなる戦い |
| 2 | 甦る新破壊大帝 | |
| 3 | 惑星ゴーの罠 | |
| 4 | マトリクスの秘密 | |
| 5 | クインテッサ星人の陰謀 | |
| 10 | THE KILLING JAR | ４人の捕虜 |
| 11 | CHAOS | デスクリスタル |
| 8 | DARK AWAKENING | コンボイの影 |
| 9 | FOREVER IS A LONG TIME COMING | 時の罠 |
| 7 | STARSCREAM'S GHOST | スタースクリームの幽霊 |
| 6 | THIEF IN THE NIGHT | メトロフレックスＶＳダイナザウラー |
| 14 | CARNAGE IN C-MINOR | 音楽惑星への挑戦 |
| 12 | MADMAN'S PARADISE | 不思議の国のダニエル |
| 24 | NIGHITMARE PLANET | 悪夢の惑星 |
| 16 | GHOST IN THE MACHINE | スタースクリームの復活 |
| 17 | WEBWORLD | クモの巣惑星 |
| 18 | DWELLER IN THE DEPTHS | セイバートロン星の吸血鬼 |
| 19 | THE QUINTESSO IN JOURNAL | 死の商人クインテッサ |
| 20 | THE ULTIMATE WEAPON | 究極の武器 |
| 21 | THE BIG BROADCAST OF 2006 | ２０１０年の大放送 |
| 15 | FIGHT OR FLEE | 戦いか死か!? |
| 22 | ONLY HUMAN | 人間トランスフォーマー |
| 25 | GRIMLOCK'S NEW BRAIN | グリムロックの新しい頭脳 |
| 23 | MONEY IS EVERYTHING | ブラックマネー |
| 26 | CALL OF THE PRIMITIVES | 原始の呼び声 |
| 27 | THE FACE OF THE NIJIKA | テレパシー惑星を救え |
| 28 | THE BURDEN HARDEST TO BEAR | 重すぎた使命 |
| 29 | RETURN OF OPTIMUS PRIME | コンボイの復活 ＰＡＲＴ１ |
| 30 | コンボイの復活 ＰＡＲＴ２ | |